Questa chiesa è ricordata in un documento dei 1209 insieme alle altre tre antiche parrocchie di San Severo. Restaurata ed ampliata nel XIV secolo, forse, con i proventi dei terreni concessi dalla regina Giovanna   I , i così detti “ Quadroni di S. Giovanni ” su Via Torremaggiore, la chiesa presentava la facciata sul lato opposto all’ingresso odierno, ove restano due leoni in pietra, di stile romanico, ai lati del rosone murato. Approfondimento La chiesa aveva, inoltre, due piccole porte: una, che dava in vico San Giovanni e l’altra su Piazza Castello (attuale Piazza Tondi), sulla quale era la seguente iscrizione: + ANNO DOMINI MCCCLII MENSE MAII HAEC PORTA FACTA EST ET INCLITVS DOMINVS NOSTER REX LVDOVICVS CORONATVS EST TEMPORE QVO VNGARI ET TEVTONICI QVIETI DE EO LIBERARVNT. Per il terremoto del 1627 la chiesa non subì molti danni. Approfondimento “ Cadde solamente - scrive il Lucchino - una bancata del soffitto sopra la porta maggiore. Dentro rovinò la cappella della S.ma Annunziata, sopra di cui era l’organo, il quale rimase senza danno alcuno sopra un solo piede, che l’altro restò in alto ... Le statue della Cappella maggiore.. ancor che cadessero dall’alto di quindici palmi, e fussero di legno e di quel sottilissimo lavoro ... non furono guaste... Un angelo di pietra il quale stava sulla cima del muro sopra la porta maggiore si spiccò dal suo luogo e sbalzò nel fosso fuori le mura della città, cinquanta o sessanta passi lontano; ed altrettanto lontana fu trovata la Croce di ferro che era sulla cima del muro sopra l’altare maggiore di essa chiesa”. Altri gravi danni subì per il terremoto del 1731. Approfondimento Riferisce il Tito [ Vincenzo   Tito ] : “ Cadde tutto il muro laterale di mezzogiorno, seco a terra trascinando porzione della facciata di oriente, tutta la sacrestia il campanile e il cimitero; ma larghissime aperture indicavano prossima la caduta”. Si iniziarono subito i lavori di restauro, che terminarono verso il 1748. La porta laterale che dava a nord, venne chiusa e l’iscrizione che la sovrastava venne inserita sopra il nuovo ingresso, in Via Santa Lucia. Si dette anche inizio alla costruzione del nuovo campanile, che prima si trovava vicino al cimitero parrocchiale, alla cui base vennero inseriti i bassorilievi romani. I cinque piani del nuovo campanile, su progetto di Vito Antonio Petruccelli, furono costruiti in varie epoche e cioè tra il 1757 e il 1795 con l’apposizione dell’orologio (1795). Nel 1758 fu rifatto il Coro in legno di noce in due piani: solo quello superiore aveva oltre i 32 sedili, braccioli e inginocchiatoi. Il lavoro fu diretto da un tal maestro Romolo Baratto. La chiesa aveva come grancie : San Sebastiano, ora chiesa della Libera; il piccolo convento di Santa Chiara (ubicato in Via San Francesco, ora Via Matteo Fraccacreta) e la chiesetta di San Michele, costruita nel sec. XV sulla Via di Belvedere nei pressi del bivio per Torremaggiore e San Paolo dal quale proviene la statua in pietra di San   Michele , trasportata nella chiesa di San Giovanni nel 1660. Nel 1805 venne costruito un nuovo organo dal maestro Luciano D’Onofrio di Caccavone Nel 1954 fu costruita la nuova sacrestia e la Casa Canonica.

LA STORIA